Ambry癌症基因筛检盒

CancerNext-Expanded分析了67个基因(如上所列)。65个基因(不包括EPCAM和GREM1)通过新一代测序(NGS)或所有编码区域的Sanger测序进行评估，并深入所有内含子和未翻译区域的侧5 ‘和3 ‘端。此外，对以下基因进行启动子区测序:PTEN (c。-1300到c -745)， MLH1 (c。-337到c.-194)，和MSH2 (c。-318 – c – 65)。对于POLD1和POLE，位于外切酶结构域(分别为密码子311-541和269-485)之外的错义变异没有常规报告。对于MITF，只有c的状态。分析报告了952G>A (p.E318K)蚀变。MSH2基因编码外显子1-7的反转与BRCA2葡萄牙方正突变c。156_157insAlu(又称384insAlu)由NGS检测，经PCR和琼脂糖凝胶电泳证实。对于ALK，只有位于激酶结构域内的变体(c.3286-c.4149)被报道。对于PHOX2B，聚丙氨酸重复区被排除在分析之外。超过5个碱基对的有临床意义的内含子发现总是被报道。不确定或不太可能的临床意义的内含子变异在来自剪接连接的5个碱基对之外没有报道。对于任何缺失区域或读深度覆盖不足的区域进行额外的Sanger测序，以进行可靠的杂合变异检测。Sanger测序验证了可报告的小插入和缺失、可能的纯合子变异、假基因干扰区域的变异和不满足100倍覆盖深度和40% het比值阈值的单核苷酸变异。对66个基因(MITF除外)的外显子和未翻译区进行总缺失/重复分析，使用验证性多重连接依赖探针扩增(MLPA)和/或靶向染色体微阵列读取NGS数据深度。对于GREM1，只分析和报告40kb 5 ‘ UTR总重复的状态。对于APC，我们分析并报道了启动子1B YY1结合基序中所有的启动子1B粗缺失和单核苷酸替换。如果在PMS2的13、14或15外显子中检测到缺失，将对伪基因PMS2CL的相应外显子进行双链测序，以确定该缺失位于PMS2基因还是伪基因。