这家医院最初是由政府投资控股公司淡马锡控股拥有。1987年, 该公司隶属于新加坡卫生部下属的新加坡卫生公司(HCS)。在 1990年, 政府决定将医院的管理权移交给新加坡国立大学。这符合政府让新加坡国立大学医院成为新加坡的主要医学教学机构和医学卓越中心的政策。

为了避免重复昂贵的服务, 政府决定只在两家医院提供高度专业化的科室: 新加坡总医院 （SGH）和新加坡国立大学医院。所有其他医院仅设一般专科部门。

新加坡国立大学医院今天是一个有着1250张病床的三甲医院, 而且是一个有内外科和牙科的主要的转诊中心。2007年，新加坡国立卫生研究院被卫生部选中，成立了新加坡国立大学癌症研究所(NCIS)和新加坡国立大学心脏中心(nuhc)两个新的国家专科中心，以满足对癌症和心脏治疗日益增长的需求。NCIS和NUHS分别于2010年和2011年正式成立。2014年，卫生部部长甘金勇正式开设了国立卫生研究院医疗中心。这个位于肯特岭捷运站上方的19层医疗中心主要设有专科门诊诊所和日间手术手术室。该中心于2013年完成, 并于同年7月开始运作。

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